Проектът за един голям тунел в Кресненското дефиле най-вероятно ще бъде променен на 24 тунела и 25 виадукта. Общата дължина на тунелите ще бъде 7 км, докато дългият тунел с две тръби от по 15 км ще изисква прокопаване на 31 км. Този вариант ще струва 500 млн. евро, а 24-те тунела ще струват около 300 млн. евро и то в най-скъпия вариант.
Промяната в проекта е взела предвид и сеизмичните опасности в райони. Шефът на Стратегически инфраструктурни проекти Асен Антов заяви, че при прокопаването на 1 дълъг тунел ще се изгребат цели 6 млн. куб. м. скали, камъни и пръст. Интересен факт е, че преди една година именно Антов заяви, че няма алтернатива на големия кресненски тунел.
ЛОТ 3 от АМ Струма е последният от четирите лота, на които бе разделено трасето. Той има дължина 64 км – от Благоевград до Сандански и освен предвидения тунел през Кресненското дефиле включва и още един - при Железница, като там тунелът е с дължина 2.6 км.
Необходимите средства за отсечката ще бъдат отпуснати от ЕС през новия програмен период. По предварителни оценки стойността на проекта е 750 млн. евро.